| # | 入手者 | 入手場所 |
| 1 | イザナギ窟 | 立て札右側の川を越えたところに宝箱 |
| 2 | 神木村1 | 高台（神ノ見やぐら）の下に宝箱 |
| 3 | 神木村2 | 東の島（奥）の光る地面に宝箱 |
| 4 | 神木村3 | 滝の上へ桃コノハナを伝って登ると宝箱 |
| 5 | 神州平原1 | 十六夜の祠から神州平原への坂道左横の光る地面に宝箱 |
| 6 | 神州平原2 | 道場裏の光る地面に宝箱 |
| 7 | 神州平原3 | 平原の南北を結ぶ橋の北西、川の北岸近くの光る地面に宝箱 |
| 8 | 神州平原4 | 名も無き男の家の対岸、土手の隅の光る地面に宝箱 窯（かま）の裏手 |
| 10 | 神州平原5 名も無き男 |
イリクワ神殿クリア後 名も無き男の「一輪挿し」を5箇所の道祖神（お地蔵様）へお供えし、名も無き男と会話する |
| 9 | 神州平原6 炎の花火師タマヤ |
「輝玉三式」を使って腑抜けになっているタマヤに気合いを入れる |
| 11 | 花咲谷 | 焚き火の先にあるトンネルを抜けたところ左の光る地面に宝箱 |
| 12 | アガタの森1 | ぼくせんババの館の中に宝箱 |
| 13 | アガタの森2 | カリウドの家裏の光る地面に宝箱 |
| 14 | アガタの森3 | 遺跡入口手前左上の崖にある亀裂近くの光る地面に宝箱 |
| 15 | アガタの森4 | 湖の木の上に桃コノハナを伝って登ると宝箱 |
| 16 | アガタの森5 | 桃コノハナを伝って聖泉ヒトシオの上へ登ると宝箱 |
| 17 | アガタの森6 | ぼくせんババの館前に炎宝箱 |
| 18 | ツタ巻遺跡1 | 壁にある足場の下から3番目の埴輪群の背後を破壊すると大ホオズキ |
| 19 | ツタ巻遺跡2 | 毒壷の滝裏の奥を破壊すると大ホオズキ |
| 20 | ツタ巻遺跡3 | 玉が置かれていたところから桃コノハナを伝って登ると宝箱 |
| 21 | 高宮平1 | 風桜への洞窟の中にある右側の池の中の泡が出ているところに宝箱 |
| 22 | 高宮平2 | 舌切りジジババの家近く、水溜まりの近く大きな岩の裏側の光る地面に宝箱 |
| 23 | 高宮平3 | 宝探しの備後近くの光る地面に宝箱 |
| 24 | 高宮平4 | 人漁の泉の近くの枯れ草に宝箱 |
| 25 | 高宮平5 | 風桜への洞窟通路にある炎宝箱 |
| 26 | 高宮平6 | 宝探しの備後近くの固い地面の下に落ちると宝箱 |
| 27 | クサナギ村1 | フセ姫の館の池に架かる橋近くの光る地面に宝箱 |
| 28 | クサナギ村2 | 竹取翁の家の土間の光る地面に宝箱 |
| 29 | クサナギ村3 | 花コノハナを伝って登った先にある鯉のぼりを渡ると宝箱 |
| 30 | 笹部卿1 | 雀のお宿門前左の光る地面に宝箱 |
| 31 | 笹部卿2 | 雀のお宿2階、行商人がいる部屋の達磨に目を描く |
| 32 | 笹部卿3 | 温泉の奥にある広場の光る地面に宝箱 |
| 33 | 風神宮1 | エレベーター下にある宝箱、エレベーターのみを上昇させる |
| 34 | 風神宮2 | 2階外に炎宝箱 |
| 35 | 風神宮3 フセ姫 |
風神宮に入ってすぐの広場右手突き当たりでクサナギ伍との戦闘に勝利するとフセ姫から入手 |
| # | 入手者 | 入手場所 |
| 36 | 関所1 | 東岸、南の突き当たりまで進むと光る地面に宝箱 |
| 37 | 関所2 | 川沿いに南に進み滝を渡ると炎宝箱 |
| 38 | 関所3 | 西岸、道の南側の光る地面に宝箱 |
| 39 | 関所4 | 橋の中央から桃コノハナを伝って南進すると松明に囲まれた岩場に宝箱 |
| 40 | 関所5 | 川の最北にある小島の光る地面に宝箱 |
| 41 | 両島原1 | 難破船の操舵室屋根上に宝箱 |
| 42 | 両島原2 動物好きの男 |
羅城門近くにいる白黒ウサギの「イナバ」を捕まえて動物好きの男に渡す |
| 43 | 両島原3 | 道場の前にある固い地面に宝箱 |
| 44 | 両島原4 | 餡刻寺の裏側 固い地面の下へ落ちて袋貉の巣を破壊した後、再び穴へ落ちる 出現する羅城門を10連続破壊すると宝箱出現 |
| 45 | 両島原5 ハヤテ |
飛脚のハヤテとの最後の勝負（3回目）に勝利すると入手 |
| 46 | 西安京（庶民街）1 | 水路の中に宝箱 |
| 47 | 西安京（庶民街）2 | 花咲爺の家、障子裏の光る地面に宝箱 |
| 48 | 西安京（庶民街）3 都の女の子 |
東の空き地にいる女の子に「木炭」（道具屋で購入）をあげると流行の絵を教えてくれる 呉服屋で着物に流行の絵を描くのを数回繰り返す 「ハート」マーク、☆、V、2x2に並べた○、天 |
| 49 | 西安京（庶民街）4 アベノ |
スリしらべの早蔵との4回目の勝負で「陰特仮面」を入手し、明月館のアベノに返却する |
| 50 | 西安京（庶民街）5 ツバキ |
「画点」を使って地面から木を生やし、「慈雨」を使って雨を降らせて姉妹と会話する |
| 51 | 西安京（貴族街）1 | ツヅラオの執務所裏出て正面の橋を渡って東の光る地面に宝箱 |
| 52 | 西安京（貴族街）2 虚無僧 |
ツヅラオの執務所裏にいる虚無僧と会話し、27秒以内に終了する |
| 53 | 西安京（貴族街）3 | 五条大橋の東側、池の底に宝箱 |
| 54 | 西安京（貴族街）4 | ヒミコの神殿の庭左奥突き当たりに宝箱 |
| 55 | 西安京（貴族街）5 | ヒミコの神殿1階のエレベーター裏側に宝箱 |
| 56 | 西安京（貴族街）6 | ゲンナイの部屋の中に雷宝箱 |
| 57 | 難破船1 | 東側通路の右横に宝箱 |
| 58 | 難破船2 | 最奥部、「打ち出の小槌」がある部屋に宝箱 |
| 59 | 宝帝の屋敷1 | 宝帝の屋敷の庭の光る地面に宝箱 |
| 60 | 両島原 北1 | 両島原から入って左手の海沿いの石段近くの光る地面に宝箱 |
| 61 | 両島原 北2 | ヨイチの近くにある池横の光る地面に宝箱 |
| 62 | 両島原 北3 | 北西から3番目の島、光る地面の下に宝箱 |
| 63 | 両島原 北4 | ヨイチ近くの固い地面の下に宝箱 |
| 64 | 両島原 北5 | 筆しらべ「霧飛」を使って「両島原 北（岩場）」へワープする |
| 65 | 両島原 北6 | 北西から2番目の島 固い地面の下へ落ちて袋貉の巣を破壊した後、再び穴へ落ちる 出現する羅城門を10連続破壊すると宝箱出現 |
| 66 | 両島原 北7 | 鬼ヶ島クリア後 龍宮にある水龍の寝床を塞いでいる枯れ草を浄化して「玉手箱」を入手し、ウラシマに渡す |
| # | 入手者 | 入手場所 |
| 67 | 猫鳴の塔1 | 6段目の足場に宝箱 |
| 68 | 猫鳴の塔2 | 「壁足」習得後、もう一度地上から塔頂まで登ると宝箱出現 |
| 69 | 猫鳴の塔3 | 中央棟の横にある小さな塔の上に宝箱 |
| 70 | 龍宮1 | 神殿階段の裏側にある亀裂を破壊して穴の下に宝箱 |
| 71 | 龍宮2 | 人魚の泉の横にある赤い柱を復活させて、一番右の柱の上に宝箱 |
| 72 | 龍宮3 | 水龍の寝床に貝殻 |
| 73 | 龍宮4 オトヒメ |
鬼ヶ島クリア後、龍宮でオトヒメと会話する |
| 74 | カムイ1 | 小柄流武術道場前の光る地面に宝箱 |
| 75 | カムイ2 | ワリウネクルの家の北にある洞窟の最深部に氷宝箱 |
| 76 | カムイ3 | ウエペケレへ続く道から崖下へ飛び降りると宝箱 |
| 77 | カムイ4 | 中央の氷結湖の近くにある光る地面に宝箱 |
| 78 | カムイ5 | 中央の凍結湖にある硬い地面の下に落ちて、最強の答選坊「漢壁」を倒す |
| 79 | カムイ6 | ウエペケレへ行く坂道の右側 亀裂のある壁を破壊した奥にある固い地面の下へ落ちて袋貉の巣を破壊した後、再び穴へ落ちる 出現する羅城門を10連続破壊すると宝箱出現 |
| 80 | ウエペケレ1 | 村入口近くの滝の方へ登り突き当たり、光る地面に宝箱 |
| 81 | ウエペケレ2 | 氷雲の瀧の近くにある袋小路に宝箱 |
| 82 | ウエペケレ3 | カイポクの家の前の光る地面の下に宝箱 |
| 83 | ウエペケレ4 | 雪玉ころがしの広場、南側突き当たりの光る地面に宝箱 |
| 84 | カムイ（エゾフジ山麓）1 | 桃コノハナを伝ってラヨチ湖東の高台に登ると氷宝箱 |
| 85 | カムイ（エゾフジ山麓）2 | 桃コノハナを伝ってラヨチ湖北の高台に登ると宝箱 |
| 86 | カムイ（エゾフジ山麓）3 | 桃コノハナを伝ってラヨチ湖北の高台に登ると光る地面に宝箱 |
| 87 | カムイ（エゾフジ山麓）4 | 筆しらべ「霧飛」を使って「カムイ（エゾフジ山麓 岩場）」へワープする |
| 88 | ヨシペタイ1 | 2面目の道中に宝箱 |
| 89 | ヨシペタイ2 | 3面目の最後の分岐を右へ進むと光る地面に宝箱 |
| 90 | ヨシペタイ3 カイポク |
カイポクとの競走に勝利する |
| 91 | ポンコタン1 | 桃コノハナを伝ってセーブポイント左の蓮の葉へ進むと宝箱 |
| 92 | ポンコタン2 | イッシャク爺の家の裏から桃コノハナを伝って北へ進むと宝箱 |
| 93 | ポンコタン3 イッシャク爺 |
イリクワ神殿クリア後、ポンコタンのイッシャク爺と会話する |
| 94 | ヨシペタイ奥地1 | 1面目の道中に宝箱 |
| 95 | ヨシペタイ奥地2 | 2面目の最後の分岐を左へ進むと宝箱 |
| 96 | ヨシペタイ奥地3 | 3面目の壁足を使う崖の右ルートに宝箱 |
| 97 | イリクワ神殿1 | 入ってすぐの大砲の下に宝箱 |
| 98 | イリクワ神殿2 | 筆しらべ「吹雪」を習得後、タギリグモがいる崖上に宝箱 |
| 99 | イリクワ神殿3 | 神殿内セーブポイントからタギリグモを凍らせて登った先に宝箱 |
| 100 | 箱舟ヤマト |